Selsø Kirke er en kirke i Selsø Sogn i Frederikssund Kommune (indtil 2007 Skibby Kommune).

Kirken ligger ved Selsø Slot og Hovedgård og var oprindeligt en rundkirke. Stentårnet blev til den nuværende kirke omkring år 1100. Udvendigt er adskillige spor efter ombygninger. De to kirkeklokker er muligvis fra år 1300 og 1467.


Den røde kirke som fangetransporten kører forbi til sidst i filmen "Drengene fra Sankt Petri" er Selsø Kirke lidt Øst for Skibby. Kameraet var sat op på modsatte side af søen lige før Manderup.

Denne lokation er blevet brugt i følgende film
Komtessen (1961) Drengene fra Sankt Petri (1991)